L’abside è stata completamente affrescata da Benozzo Gozzoli con Storie della Vita di San Francesco, Santi e personaggi dell’ordine francescano nel 1452. Questi affreschi rappresentano la prima straordinaria testimonianza dell’avvenuto raggiungimento dello “status” di maestro indipendente da parte del Gozzoli, il quale collaborò precedentemente con Beato Angelico.

Oggi questo ciclo di affreschi, sopravvissuto al terremoto del 1997, appare in uno stato di piena leggibilità grazie al magistrale restauro terminato nel 2000. Gli affreschi furono eseguiti su commissione di fra Jacopo Mactioli da Montefalco, priore del convento. I venti episodi della Vita del Santo sono narrati all’interno di dodici scene disposte su tre registri, la narrazione procede da sinistra verso destra, partendo dal basso. Le volte dell’abside sono ornate con elementi vegetali, figure di Santi francescani e Gloria di San Francesco.

In uno degli episodi, Gozzoli ritrae San Francesco che benedice la città di Montefalco: lo sfondo rurale ricalca l'importanza della coltivazione della vite per la città. Sempre nell’abside della chiesa, alludeva forse al Sagrantino dipingendo la tavola imbandita con il vino rosso sulla mensa del cavaliere da Celano.

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