Il primo insediamento dei frati francescani nel territorio di Montefalco risale alla prima metà del XIII secolo con la costruzione della Chiesa di Santa Maria della Selvetta, a Camiano, frazione poco lontana dal centro storico.
Negli anni i frati cercarono di avvicinarsi alle mura cittadine, con la costruzione di una nuova chiesa dedicata ai Santi Filippo e Giacomo, nella zona del belvedere dell'attuale via Ringhiera Umbra.
Solo nel 1335 ottennero un appezzamento di terreno all'interno della cerchia muraria, nel rione di Collemora e costruirono l'attuale chiesa dedicata al Santo fondatore dell'Ordine.
L'edificio venne terminato in pochissimi anni (1335- 1338), realizzato grazie a cospicue offerte e lasciti testamentari, con i quali i frati poterono finanziare anche la ricca decorazione interna e un primo nucleo del convento. L'ampliamento del dormitorio risale alla fine del 1600 quando, per meglio ospitare la comunità dei frati che si era allargata, si sacrificò una buona parte del chiostro attiguo al lato sinistro della chiesa; una parte delle colonne è ancora visibile nel terzo ambiente delle antiche cantine.
La comunità francescana rimase nel complesso fino al 1861, quando con la proclamazione del Regno d'Italia vennero confiscati i beni di proprietà del convento, i frati allontanati dalle attività liturgiche e dagli alloggi. Il convento venne adibito ad ospedale civile, mentre la chiesa già nel XIX secolo subì interventi di restauro e manutenzione, con lo scopo di conservarne l'ingente patrimonio artistico ed accolse i beni confiscati alle comunità religiose, confluito in un primo momento nella ex chiesa di San Filippo Neri.